根据协议，福建省农科院在厦门市选择约２０公顷土地，按现代企业股权制度与厦门市政府合作建设“海峡现代农业研究院”，功能涵盖科技研发、技术转移、市场交易、后勤保障等。
福建省农科院和台湾２１世纪基金会以“海峡现代农业研究院”为载体，就海峡两岸特色和具优势的农作物、畜禽、果蔬、花卉优良品种和技术，开展双向交流与合作；共同投入相应的科技条件资源，充分发挥厦门市的地理、人文、科技、经济等优势，联合台湾有关科教机构，组织申报和实施食品加工、亚热带园艺、创意农业、碳汇交易等重大农业项目研发，共享研究成果。
福建省农科院和台湾２１世纪基金会还将以厦门市为中心开展技术转移服务，辐射漳州、泉州等“闽南金三角区域”，共同组织科技成果的转移、推广和产业化开发，分享科技转移收益。
台湾２１世纪基金会执行长孙明贤告诉记者，两岸共建“海峡现代农业研究院”的核心就是农业科技研发的双向交流与合作，并建立成果共享的新机制，实现共赢。同时，这将大大拓宽两岸农业合作的现有形式。
目前，闽台农业合作主要有四种形式：福建福建全省范围的海峡两岸农业合作实验区，台湾农民创业园，厦门、霞浦等地设立的台湾农产品销售集散中心，选点进行植物引进的栽培试点区域。
福建现已成为大陆地区开展对台农业合作成效最大的省份。截至２０１０年１０月底，福建全省已批准近２２００个台资农业项目，合同利用台资约２８亿美元。２００９年，《福建省促进闽台农业合作条例》的出台实施，推动闽台农业合作进入“深耕”阶段。（记者来建强）
