一、通过立法方式设置海岸线退缩线。制定自然海岸线的合理占有率，通过立法的方式防止或减轻海岸线的侵蚀和破坏、保护海岸生态功能、保护海岸景观、保护海岸的公共通道，禁止在潮间带、沿海特殊生态系统及生态敏感区等关键生境边缘进行沿海开发，禁止任何与公共安全无关、与海防无关的建筑物或土地改造。

二、树立海洋与陆地一样是国土的观念，明确海湾地区资源权属。长期以来海洋资源没有明确的权属界定，资源无偿使用现象普遍，各行政区域为了自身利益竞相无偿地利用海洋资源，缺乏统一管理和科学规划，导致开发强度过大，无序、无度开发现象普遍，对海湾生态环境造成巨大压力。

三、明确不同海湾的主导功能分工，避免内部利用冲突增加环境负担。海湾主导功能分工不明确，权属不清，容易引起海湾内部各种利用引起的冲突频繁发生，特别是各自建立大规模滨海工业园区，客观上加剧了滨海工业对海湾生态环境的负面影响。

四、严格审批严重破坏海洋生态系统的建设工程，加强海岛防护林体系建设。特别注意“集中集约用海”名义下的大规模连片填海造地，忽视整个园区不同项目的累加环境污染和客观上加剧海洋生态系统的破坏。同时，要构建海岛防护林体系，抗御风、沙、水、旱、潮五大灾害。

五、构建海洋环境保护的科技支撑体系。组织开展溯源追究、生态补偿、入海污染物总量控制研究，研究和解决海洋环境与生态灾害监测、预报预警技术，以及污染源有效控制和污染物高效去除技术、海洋生物多样性保护等重大科学技术问题，为海洋生态系统的保护和海洋资源的可持续利用提供更有力的科技支撑。

六、建立基于生态系统的海洋综合管理与保护体制。福建省海洋生态保护工作采用传统的分行业管理办法，海洋综合管理机制不够健全，各涉海部门之间缺乏协调，权限交叉，甚至矛盾、冲突。个别法规、规划与现行海洋环境保护法存在冲突。